La direction de la Qualité et du Bien-être animal contribue à la protection et au bien-être des animaux.
A ce titre, elle délivre les agréments aux opérateurs détenant des animaux, elle gère l'identification des animaux de compagnie. Elle est également force de proposition pour faire évoluer le cadre légal compte tenu des enjeux du moment.
La direction de la Qualité et du Bien-être animal contrôle et certifie la qualité des semences et plants végétaux, le matériel de reproduction des animaux, en vue de leur commercialisation. Elle coordonne les programmes de gestion et de conservation des ressources génétiques animales et végétales agricoles.
Enfin, elle gère les systèmes de garanties officielles de produits de qualité différenciée (appellation d'origine et indications géographiques protégées, production biologique) et soutient le développement de produits de qualité certifiée et la vente en circuits courts.